ในการปฏิบัติงานสถาบันวิจัยและพัฒนาแห่ง มก. ได้แบ่งหน่วยงานออกเป็นฝ่าย สถานีวิจัยและ ศูนย์วิจัย ตามที่แสดงไว้ในแผนภูมิโครงสร้างการแบ่งส่วนราชการสถาบันวิจัยและพัฒนาแห่ง มก. ซึ่งมีหน้าที่ความรับผิดชอบดังนี้
สำนักงานเลขานุการ (Office of the Secretariat)
มีหน้าที่ให้บริการงานส่วนกลางของสถาบันวิจัยและพัฒนาแห่ง มก. ในด้านงานสารบรรณ งานบุคคล งานการเงิน งานพัสดุ งานนโยบายและแผน งานประกันคุณภาพ รวมทั้งการอำนวยความสะดวกให้แก่อาจารย์ นักวิจัยของมหาวิทยาลัย
สำนักงานเลขานุการประกอบด้วย 4 งานดังนี้
ฝ่ายประสานงานวิจัยและประเมินผล (Research Coordination and Evaluation Division)
มีหน้าที่รับผิดชอบงานประสานและบริหารทุนอุดหนุนวิจัยมหาวิทยาลัยเกษตรศาสตร์ ประสานงานวิจัยทุนอุดหนุนวิจัยจากแหล่งทุนภายนอกมหาวิทยาลัย ปประสานการพัฒนางานวิจัย และเครือข่ายความร่วมมือทางการวิจัย การติดตามและประเมินผลโครงการวิจัย รวมทั้งการเสริมสร้างงานวิจัย และพัฒนาบุคลากรวิจัยของมหาวิทยาลัย
ฝ่ายประสานงานวิจัยและประเมินผล ประกอบด้วย 4 งานดังนี้
ฝ่ายเผยแพร่งานวิจัย (Research Dissemination Division)
มีหน้าที่รับผิดชอบด้านการประชาสัมพันธ์ เผยแพร่และถ่ายทอดผลงานวิจัยของอาจารย์/นักวิจัย มหาวิทยาลัยเกษตรศาสตร์ สู่สาธารณะ โดยผลิตสื่อในหลายรูปแบบ ได้แก่ สื่อสิ่งพิมพ์ สื่อวิทยุ สื่ออิเล็คทรอนิคส์ และการจัดนิทรรศการเผยแพร่งานวิจัย
ฝ่ายเผยแพร่งานวิจัย ประกอบด้วย 4 งานดังนี้
ฝ่ายสารสนเทศงานวิจัย (Research Information Division) –> website
มีหน้าที่รับผิดชอบด้านการบริหารจัดการสารสนเทศงานวิจัยของมหาวิทยาลัยเกษตรศาสตร์ จัดทำฐานข้อมูลทางการวิจัยของ มก. และการให้บริการ/แลกเปลี่ยน/เชื่อมโยงข้อมูลงานวิจัยกับหน่วยงานต่างๆ ทั้งภายในและภายนอกมหาวิทยาลัย
ฝ่ายสารสนเทศงานวิจัย ประกอบด้วย 5 งานดังนี้
ฝ่ายเครื่องมือและวิจัยทางวิทยาศาสตร์ (Scientific Equipment and Research Division) –> website
มีหน้าที่รับผิดชอบการให้บริการงานวิจัย และบริการวิชาการแก่บุคลากรของมหาวิทยาลัยเกษตรศาสตร์ บุคคลทั่วไป และหน่วยงานภายนอก ทั้งภาครัฐและเอกชน รวมทั้งการปฏิบัติงานวิจัยเฉพาะทาง
ฝ่ายเครื่องมือและวิจัยวิทยาศาสตร์ ประกอบด้วย 4 งานดังนี้