เทคโนโลยีด้านการตัดต่อยีนนั้นได้พัฒนาไปอย่างรวดเร็ว ในรอบ 10 ปีที่ผ่านมานี้ ได้มีรายงานความสำเร็จของการตัดต่อยีนในพืชเศรษฐกิจที่
สำคัญต่างๆ ซึ่งพืชเหล่านี้ได้ถูกเปลี่ยนแปลงพันธุกรรมเพื่อให้มีคุณสมบัติ ต้านทานต่อสารปราบวัชพืช ต้านทานต่อโรคและแมลง หรือสามารถเก็บรักษาได้ยาว
นานขึ้น เป็นต้น ซึ่งเทคโนโลยีการตัดต่อยีนในพืชนั้นมีข้อได้เปรียบต่อวิธีการปรับปรุงพันธุ์พืชแบบดั้งเดิมดยเฉพาะอย่างยิ่งในแง่ของความสามารถช้ฐานพันธุกรรม
ใแบบไม่จำกัดเพื่อการปรับปรุงพันธุ์ นอกจากนั้นยังสามารถใส่เฉพาะยีนที่ต้องการโดยไม่มียีนที่ไม่ต้องการติดมาด้วย      
                   ถึงแม้ว่าเทคโนโลยีนี้จะเป็นที่ประจักษ์ในแง่ของคุณประโยชน์อย่างมหาศาลต่อการยกระดับของผลผลิตและคุณภาพของผลผลิตอย่างไรก็ตามการ
เปลี่ยนแปลง พันธุกรรมที่ผิดธรรมชาติก็อาจจะมีผลกระทบต่อผู้บริโภค ผลกระทบต่อสภาพนิเวศน์วิทยาทางการเกษตรและป่าไม้อันจะเป็นผลลูกโซ่กระทบ
ต่อภาคเศรษฐกิจและสังคมของประเทศโดยรวม

ความกังวัลเกี่ยวกับความปลอดภัยของพืชตัดต่อยีนและผลิตภัณฑ์จากพืชตัดต่อยีน
              ความปลอดภัยในการผลิตและการบริโภคผลิตภัณฑ์ที่พัฒนามาจากการใช้เทคนิคทางพันธุวิศวกรรม เป็นสิ่งที่ได้รับความสนใจจากสังคมอย่าง
กว้างขวาง ผลกระทบในด้านการผลิตหรือการปลูกพืชตัดต่อยีนส่วนใหญ่เป็นสิ่งที่คาดว่าจะมีผลเสียต่อสภาพแวดล้อม เช่น การเคลื่อนย้ายของยีนไปสู่พืชหรือ
จุลินทรีย์อื่น ๆ การสูญเสียความหลากหลายทางชีวภาพ และการชัดนำให้เกิดวัชพืชสายพันธุ์ใหม่เป็นต้น ความวิตกกังวลเหล่านี้ได้ผ่อนคลายลงมากในระยะหลังนี้
เนื่องจากผลการทดลองปลูกพืชตัดต่อยีนภาคสนามในประเทศต่าง ๆ ไม่ได้บ่งบอกถึงผลกระทบต่อสภาพแวดล้อมตามที่คาดหมายไว้
                  ความกังวลเกี่ยวกับความปลอดภัยของผลิตภัณฑ์ที่ได้จากสิ่งมีชีวิตดัดแปลงพันธุกรรม (Genetically Modified Products)
ได้กลายเป็นประเด็นที่ได้รับความสนใจเพิ่มมากขึ้น เนื่องจากอาหารดัดแปลงพันธุกรรมจะมียีน และผลผลิตจากยีน (โปรตีน) เพิ่มเติมขึ้นมาจากอาหาร
ดั้งเดิม ประเด็นความเสี่ยงในการบริโภคอาหารดัดแปลงพันธุกรรมส่วนใหญ่เกี่ยวข้องกับยีนต้านทานต่อสารปฏิชีวนะ โดยมีความวิตกกังวลว่ายีนต้านทาน
ต่อสารปฏิชีวนะ จะถูกส่งผ่านเข้าไปในแบคทีเรียที่อยู่ในลำไส้ของคนและสัตว์ก่อให้เกิดเป็นสายพันธุ์จุลินทรีย์ที่ดื้อยานอกจากนั้นมี
ความกังวลว่าโปรตีนที่เป็นผลผลิตของยีนที่ถ่ายเข้าสู่พืช อาจทำให้ผู้บริโภคมีอาการภูมิแพ้ หรือโปรตีนบางชนิดอาจเป็นพิษต่อคนและสัตว์

ความกังวลเกี่ยวกับความปลอดภัยของการตัดต่อยีนในสัตว์
          ในทุกกรณีที่มีการถ่ายยีนให้กับคน หรือสัตว์ จะต้องอาศัยพาหะ ซึ่งมักจะเป็นไวรัสที่ทำให้เกิดโรคในคนและสัตว์ เช่น retrovirus, cytomegalovirus
และ adenovirus เป็นต้น เนื่องจากไวรัสเหล่านี้มีคุณสมบัติที่สามารถสอดแทรกเข้าไปในโครโมโซม ซึ่งสามารถที่จะทำให้เกิดมะเร็งได้ถ้ามีการสอดแทรก
เข้าไปตำแหน่งหน้ายีนก่อมะเร็ง (oncogene) นอกจากนี้อาจมียีนที่เกี่ยวกับการคัดเลือกซึ่งมักจะเป็นยีนที่ดื้อต่อสารปฏิชีวนะซึ่งอาจจะมีการถ่ายยีนที่ดื้อต่อสาร
ปฏิชีวนะใช้กับแบคทีเรียได้ ถ้าเป็นแบคทีเรียที่ทำให้เกิดโรคในคนก็จะทำให้ไม่ตอบสนองต่อการรักษา