ระบบการผลิตสินค้าเกษตรและอาหารที่ต้องการการรับรองมาตรฐานสากล มีเงื่อนไขที่ต้องระบุแหล่งที่มาของส่วนขยายพันธุ์และยืนยันคุณภาพ เพื่อการประกอบการขอการรับรองมาตรฐานระบบการผลิต จึงเป็นที่มาของการศึกษาวิจัยแนวทางการบริหารจัดการการผลิตส่วนขยายพันธุ์ที่นำระบบการประกันคุณภาพ เพื่อสร้างความมั่นใจในคุณภาพของสินค้า ได้แก่ เมล็ดพันธุ์ กล้าผัก และกิ่งพันธุ์ไม้ผล ประกอบด้วยการควบคุมปัจจัยการผลิตที่เกี่ยวข้อง และการใช้ระบบเอกสารแสดงการปฏิบัติงานที่สามารถตรวจสอบและตามสอบยืนยันคุณภาพ โครงการนี้ได้ทำการเพิ่มศักยภาพความเข้าใจให้กับผู้เกี่ยวข้องด้วยการอบรม สร้างความเข้าใจและทำการปฏิบัติให้มีความสอดคล้องตามมาตรฐานที่ยอมรับของผู้รับซื้อส่วนขยายพันธุ์ ซึ่งต้องการส่วนขยายพันธุ์ที่มีความแข็งแรง ตรงตามพันธุ์ ปราศจากศัตรูพืชภายใต้ระบบการประกันคุณภาพ เพื่อใช้ในระบบการผลิตทางการเกษตรดีที่เหมาะสม (Good Agriculture Practice: GAP) และมาตรฐานเกษตรอินทรีย์ (Organic Standard) ซึ่งเป็นหลักการสำคัญด้านความปลอดภัยของสินค้าเกษตรและอาหาร ผลการศึกษาพบว่าวิธีการปรับปรุงระบบการผลิตตามแผนการผลิตให้ได้ตามความต้องการของผู้ซื้อ การเลือกพ่อแม่พันธุ์ที่มีคุณภาพและลักษณะตรงตามพันธุ์ การพัฒนาระบบการเก็บข้อมูลการปฏิบัติงานในแปลง เพื่อการควบคุมปัญหาจากศัตรูพืชที่มีผลต่อผลผลิตคุณภาพ ตลอดจนการจัดการสภาพแวดล้อม เพื่อให้ได้ส่วนขยายพันธุ์ ทั้งเมล็ดพันธุ์ กล้าพันธุ์ และกิ่งขยายพันธุ์ ที่มีคุณภาพตรงตามพันธุ์ มีความงอก ความแข็งแรงที่สูง และสามารถเจริญพัฒนาเป็นต้นที่สมบูรณ์ต่อไป

                  การจัดการธาตุอาหารและความอุดมสมบูรณ์ของดินในแปลงปลูก การบำรุงต้นแม่ ถือเป็นรากฐานสำคัญของระบบการผลิตเมล็ดพันธุ์และกิ่งพันธุ์ให้ได้คุณภาพ การใช้ปุ๋ยอินทรีย์ อาหารเสริม ลดค่าใช้จ่ายจากปุ๋ยเคมี สารเคมีกำจัดศัตรูพืชในระยะที่เหมาะสมก็สามารถให้ต้นแม่มีความแข็งแรง กรณีที่เป็นระบบผลิตต้นกล้าก็จะช่วยให้ได้ต้นกล้าที่มีคุณภาพน่าพอใจก่อนการส่งมอบ ขณะเดียวกันวิธีการระวังและบันทึกการระบาดของศัตรูพืช แมลงที่สำคัญ ได้แก่ เพลี้ยไฟ ไรขาว หนอนเจาะสมอฝ้าย และเพลี้ยอ่อน และโรคที่สำคัญ ได้แก่ โรคโคนเน่า โรครากเน่า ที่เกิดจากเชื้อรา โรคที่เกิดที่ใบและที่ผล เช่น โรคใบไหม้ โรคแอนแทรคโนส หรือแม้แต่โรคที่มีสาเหตุจากแมลงเป็นพาหะ ได้แก่ โรคไวรัส ถือเป็นข้อมูลสำคัญที่เกี่ยวข้องของการจัดการผลิตเมล็ดพันธุ์คุณภาพ การศึกษาที่ผ่านมาพบว่าประสิทธิภาพของน้ำมันหอมระเหย เช่น สารสกัดตะไคร้หอม สารออกฤทธิ์ Geraniol และ Eugenol สามารถยับยั้งการเจริญของเส้นใยของเชื้อราและการงอกของสปอร์เชื้อรา Colletotrichum capsici ที่ทำให้เกิดโรคแอนแทรคโนส ได้ ช่วยให้การเก็บเกี่ยวเมล็ดพันธุ์ กล้าพันธุ์ และกิ่งพันธุ์ที่ปราศจากโรคศัตรูพืช นอกจากนั้นการตรวจสอบคุณภาพในห้องปฏิบัติการ ถือเป็นขั้นตอนที่สร้างความมั่นใจในคุณภาพของส่วนขยายพันธุ์มากขึ้น

                  ในกรณีที่ผู้ประกอบการผลิตต้นกล้าพืชผักเพื่อการจำหน่าย ถ้าใช้เมล็ดพันธุ์ที่มีคุณภาพ จะทำให้ได้ต้นกล้าที่มีคุณภาพและสามารถลดต้นทุนการผลิตได้ เนื่องจากการปลูกพืชจากต้นกล้าที่ไม่สม่ำเสมอ ทำให้เกิดปัญหาในการจัดการ เช่น การคาดคะเนผลผลิต การดูแลรักษา การออกดอกไม่สม่ำเสมอ จนต้องเก็บเกี่ยวผลผลิตหลายครั้ง ทำให้สิ้นเปลืองค่าใช้จ่าย

                  สำหรับการผลิตต้นกล้าโดยใช้เทคนิคการเพาะเลี้ยงเนื้อเยื่อ การคัดเลือกต้นแม่พันธุ์ที่สมบูรณ์ มีความต้านทานโรคและแมลง ให้ผลผลิตสูงและมีคุณภาพ จะสามารถทำให้ได้ต้นกล้าที่ผลิตออกมามีคุณภาพ และเมื่อย้ายออกจากขวดไปปลูกในโรงเรือน มีการใส่ปุ๋ยและดูแลที่เหมาะสมจะทำให้ได้ต้นกล้าที่มีขนาดสม่ำเสมอ ปลอดจากโรค เมื่อนำไปปลูกลงแปลงก็จะเจริญเติบโตได้ดีและให้ผลผลิตสม่ำเสมอ

                  การขยายกิ่งพันธุ์ไม้ผล สามารถทำได้หลายวิธี เช่น การตอน ติดตา เสียบยอด หรือ ปักชำ ทุกวิธีต้องมีการดูแลต้นแม่พันธุ์ให้สมบูรณ์ ปราศจากโรคและแมลง หลังจากนั้นจึงทำการขยายพันธุ์และดูแลกิ่งพันธุ์เป็นอย่างดี เพื่อไม่ทำให้โรคและแมลงติดไปกับกิ่งพันธุ์ จึงจะทำให้กิ่งพันธุ์ไม้ผลเหล่านี้เมื่อนำไปปลูกลงดิน มีความแข็งแรงสมบูรณ์