ปัจจุบันโปรตีนเป็นชีวโมเลกุลสำคัญที่นักวิจัยได้ให้ความสำคัญในการศึกษาค้นคว้ากันอย่างกว้างขวาง เนื่องจากเป็นโมเลกุลที่มีความสลับซับซ้อนทั้งในด้านโครงสร้างและกลไกการทำงาน การวิจัยเพื่อให้เกิดความรู้ความเข้าใจเกี่ยวกับความสัมพันธ์ระหว่างหน้าที่กับโครงสร้างและการแสดงออกทางพันธุกรรมของโปรตีน จะเป็นข้อมูลพื้นฐานสำคัญซึ่งอาจนำไปสู่การพัฒนาคุณสมบัติของโปรตีนสำคัญที่นำไปใช้ประโยชน์ในทางการเกษตร การแพทย์ และอุตสาหกรรม รวมถึงการนำไปสู่การพัฒนาทางด้านนาโนเทคโนโลยีชีวภาพต่างๆด้วย

           วิศวกรรมโปรตีน (protein engineering) และโปรตีนชีวสารสนเทศ (protein bioinformatics) เป็นเทคนิคและเครื่องมือสำคัญที่ช่วยให้นักวิจัยสามารถศึกษาโครงสร้างและกลไกการทำงานของโปรตีนในระดับลึก วิศวกรรมโปรตีนเป็นเทคนิคหนึ่งที่ทำให้โปรตีนที่สนใจมีการเปลี่ยนแปลงของกรดอะมิโนและคุณสมบัติในการทำงานไป ซึ่งอาจนำไปสู่การพัฒนาคุณสมบัติและการทำงานของโปรตีน ส่วนโปรตีนชีวสารสนเทศเป็นเครื่องมือสำคัญที่ช่วยให้นักวิจัยด้านโปรตีนสามารถเก็บข้อมูลพื้นฐานทางด้านโมเลกุลโปรตีโอมและจีโนมของสิ่งมีชีวิตชนิดต่างๆ เพื่อประมวลให้เกิดความรู้ความเข้าใจเกี่ยวกับความสัมพันธ์ของพันธุกรรมกับโมเลกุลชีวภาพในระดับต่างๆอันเป็นฐานในการสร้างรูปแบบจำลองสามมิติของโมเลกุลโปรตีนที่มีความสลับซับซ้อนได้ โดยใช้โปรแกรมการสร้างรูปแบบจำลองจากคอมพิวเตอร์ อย่างไรก็ดีในการศึกษาการแสดงออกและการคาดเดาหน้าที่การทำงานของโปรตีนโดยชีวสารสนเทศนั้นจำเป็นต้องอาศัยความเชี่ยวชาญเฉพาะของนักวิจัยด้านวิศวกรรมโปรตีนและโปรตีนชีวสารสนเทศ

           ห้องปฏิบัติการวิจัยวิศวกรรมโปรตีนและโปรตีนชีวสารสนเทศ ได้รวมกลุ่มนักวิจัยที่มีความสนใจในการทำงานวิจัยด้านโปรตีน วิศวกรรมโปรตีนและโปรตีนชีวสารสนเทศ โดยมีเป้าหมายในการสร้างเครือข่ายการวิจัย เพื่อให้เกิดการพัฒนาขีดความสามารถในการวิจัยและสร้างความเป็นเลิศทางชีวเคมีด้านวิศวกรรมโปรตีนและโปรตีนชีวสารสนเทศอย่างเป็นระบบ รวมถึงการให้บริการทางวิชาการแก่นักวิจัยทั่วไปทั้งภายในและภายนอกมหาวิทยาลัยเกษตรศาสตร์ โดยการให้คำปรึกษาเพื่อวางแผนงานวิจัยและแก้ไขปัญหาที่เกี่ยวข้องกับการวิจัยด้านวิศวกรรมโปรตีนและโปรตีนชีวสารสนเทศ เพื่อให้เกิดทักษะการวิจัยและก่อให้เกิดองค์ความรู้ที่นำไปประยุกต์ให้เกิดการพัฒนาประเทศแบบยั่งยืน และสามารถแข่งขันกับนานาประเทศได้

ตัวอย่างงานวิจัยที่กำลังศึกษาอยู่

1. การยับยั้งการทำงานของ Epidermal Growth Factor Receptor: ด้วยวิธีผสมผสานระหว่างการจำลองในคอมพิวเตอร์และการทดลองในห้องทดลอง (สกว.)  
2. การยับยั้งการทำงานของ Epidermal Growth Factor Receptor: ด้วยวิธีผสมผสานระหว่างการจำลองในคอมพิวเตอร์และการทดลองในห้องทดลอง (KURDI)  
3. การพัฒนาสูตรอาหารที่เหมาะสมสำหรับการเพาะเลี้ยงปลานิลเชิงพาณิชย์  (สวทช.)
4.  การศึกษาโครงสร้างของ HIV-1 รีเวิร์สทรานสคริปเทส และมิวแตนท์            กับสารออกฤทธิ์ยับยั้ง (ซินโครตรอน)
5. การศึกษาหน้าที่ของกลุ่มยีน Aldo-Keto Reductase ในข้าว (Kurdi)
6. การวิเคราะห์หาโปรตีนที่มีความสำคัญต่อการแสดงออกของยีนในสาหร่ายเซลล์เดียว Chlamydomonas reinhardtii (Kurdi)
7. การพัฒนาเอนไซม์เบต้า-กลูโคซิเดสชนิดใหม่เพื่อการประยุกต์ใช้ในเชิงพาณิชย์ (KURDI)
8. ความสัมพันธ์ระหว่างโครงสร้างและการทำงานของเอนไซม์เบต้า-กลูโคซิเดสจากพืชไทย (Kurdi)
9. การศึกษาความสัมพันธ์ระหว่างโครงสร้างและการทำงานของเอนไซม์ลินามาเรสจากมันสำปะหลัง (สวทช.)
10. การศึกษากลไกการยับยั้งเอนไซม์ Human Topoisomerase II โดยสารกลุ่ม rhinacanthins และ napthoquinone esters เพื่อใช้เป็นยาต้านมะเร็ง (Kurdi)
11. การศึกษาความสัมพันธ์ระหว่างประสิทธิภาพในการยับยั้งและอันตรกิริยาที่มีต่อกรดอะมิโนโพรงการจับของตัวยับยั้งนอนนิวคลีโอไซด์ของเอนไซม์การถ่ายแบบ    เอช ไอ วี – 1 ด้วยระเบียบวิธีโมเลกุลาร์ ด๊อกกิ้ง และ การคำนวณเคมีควอนตัม (สกว.)
12. Drug Discovery for Novel HIV-1 Reverse Transcriptase Inhibitors (สกว.)
13. Investigation on the Interaction between non-nucleoside Inhibitors and mutant HIV-1 Reverse Transcriptase (Y181C and K103N), base on the combined quantum mechanical methods and Inhibitor Design (สกว.)
14.  ศักยภาพการใช้ประโยชน์จากหม่อน  (Kurdi)
15. เลคตินจากสบู่ดำ: การสกัดให้บริสุทธิ์และการประยุกต์ใช้(Kurdi)
16. การเพิ่มผลผลิตกุ้งก้าม กราม (Macrobrachium rosenbergii) โดยใช้ฮอร์โมนจากต่อม Androgenic gland (สกว.)