ปัจจุบันประเทศไทยมีแนวโน้มการบริโภคกาแฟที่เพิ่มสูงขึ้นโดยเฉพาะกาแฟที่ชงจากกาแฟคั่ว จากรายงานต่างประเทศระบุว่ากาแฟเป็นวัตถุดิบการเกษตรที่สามารถพบการปนเปื้อนของออกคราทอกซินเอ (Ochratoxin A; OTA) ได้ ออคราทอกซินเอเป็นสารพิษเชื้อรา (Mycotoxin) ชนิดหนึ่งที่ทำให้เกิดโรคเกี่ยวกับไตได้ทั้งในมนุษย์และสัตว์ทดลอง ดังนั้นการตรวจสอบออคราทอกซินเอในกระบวนการผลิต เช่น กาแฟดิบและกาแฟกะลาจึงเป็นสิ่งจำเป็น เพื่อจะได้ทราบว่าถ้าเกิดการปนเปื้อนของออคราทอกซินขึ้นจะเกิดขึ้นในขั้นตอนใด และมีกระบวนการผลิตขั้นตอนใดที่จะสามารถลดการปนเปื้อนได้หรือไม่ อันจะนำไปสู่การกำหนดจุดวิกฤตเพื่อป้องกันการเจริญของเชื้อราในวัตถุดิบโดยเริ่มตั้งแต่การเก็บเกี่ยวเมล็ดกาแฟดิบ เพื่อประโยชน์ในการสร้างความปลอดภัยในการบริโภคกาแฟ จากการตรวจสอบการปนเปื้อนของออคราทอกซินเอในกาแฟในกระบวนการผลิต 21 ตัวอย่าง ด้วยวิธีการปรับปรุงจากวิธีของ AOAC 2004.10 และ AOAC 976.38 ซึ่งสามารถวิเคราะห์ออคราทอกซินเอในกาแฟดิบได้ในช่วง 1-40 ng/g โดยมีค่าคืนกลับ (Recovery) ร้อยละ 67.27-96.99 และค่าต่ำสุดที่วัดปริมาณได้ (LOQ) เท่ากับ 1 ng/g ส่วนในกาแฟคั่ว (Roasted coffee) สามารถวิเคราะห์ได้ในช่วง 1-20 ng/g ค่าคืนกลับร้อยละ 65.12-84.33 และค่าต่ำสุดที่วัดปริมาณได้เท่ากับ 1 ng/g ผลพบว่าไม่พบการปนเปื้อนออคราทอกซินเอในกาแฟกะลาในช่วงการตากจำนวน 6 ตัวอย่าง ส่วนกาแฟกะลาในช่วงการเก็บจำนวน 6 ตัวอย่าง พบออคราทอกซินเอปริมาณตั้งแต่ 2.14->32 ?gkg ในกาแฟก่อนคั่ว 6 ตัวอย่างไม่พบการปนเปื้อน และในผลแห้งในช่วงการตาก 3 ตัวอย่างไม่พบการปนเปื้อนเช่นกัน แสดงให้เห็นว่าออคราทอกซินเอจะถูกผลิตในช่วงของการเก็บ (Storage) มากที่สุด และจากการศึกษาขั้นตอนเพื่อลดการปนเปื้อนของออกคราทอกซินเอในกาแฟพบว่าขั้นตอนการคั่วที่อุณหภูมิ 208.33 องศาเซลเซียส สามารถลดปริมาณออคราทอกซินเอที่สร้างจากการเพาะเชื้อราบนกาแฟดิบได้อย่างมีนัยสำคัญ โดยการคั่วแบบเข้ม กลาง และอ่อน นาน 8, 7 และ 6 นาที สามารถลดออคราทอกซินเอลงได้ร้อยละ 75.08, 54.08 และ 7.28 ตามลำดับ แสดงให้เห็นว่าความร้อนในการผลิตกาแฟ (การคั่ว) สามารถลดปริมาณออคราทอกซินเอที่ปนเปื้อนได้ โดยปริมาณสารพิษที่ลดลงขึ้นอยู่กับระยะเวลาที่เมล็ดกาแฟได้รับความร้อน