ในระบบผลิตพืชอาหาร มีปัจจัยหลายอย่างที่เกี่ยวข้องในกระบวนการหรือในระบบผลิต ได้แก่ ดิน น้ำ ปุ๋ย การควบคุม/ป้องกันโรคและแมลง สภาพภูมิอากาศ และชนิดของพันธุ์พืชที่เหมาะสม เป็นต้น โดยปัจจัยที่เกี่ยวข้องดังกล่าวจะเป็นตัวบ่งชี้ได้ถึงคุณภาพของผลผลิตพืชอาหารที่ได้รับ

           เพื่อให้ได้คุณภาพของพืชอาหารที่มีความปลอดภัย สะอาด ถูกสุขอนามัย และในการนำไปบริโภคไม่ส่งผลกระทบต่อสุขภาพอนามัยของผู้บริโภค ดังนั้น ระบบการผลิตดีที่เหมาะสม (Good Agricultural Practices) จีงได้นำมาปฏิบัติใช้อย่างแพร่หลายทั่วโลก โดยมีหลักการที่ชัดเจนว่า การผลิตอาหารมีคุณภาพและมีความปลอดภัยตั้งแต่ระดับฟาร์มผลิตและต่อเนื่องไปจนกระบวนการหลังการผลิต โดยมีการจัดการความเสี่ยงที่อาจเกิดขึ้นด้วยกลไกที่กำหนดขึ้น และมีความสามารถในการทวนสอบได้

          ระบบการประเมินความเสี่ยงในระบบผลิตพืชอาหารในที่นี้หมายถึงการประเมินหรือตรวจสอบปัจจัยต่างๆที่ใช้ในระบบผลิตพืชอาหารด้วยการวิเคราะห์ ทดสอบ หรือทวนสอบแหล่งผลิต ทั้งนี้เพื่อให้เกิดความมั่นใจได้ว่าปัจจัยที่ใช้ในระบบการผลิตนั้นๆ มีความปลอดภัยและมีการป้องกันความเสี่ยงที่อาจเป็นสาเหตุการปนเปื้อนในพืชอาหาร จนส่งผลกระทบต่อสุขอนามัยของผู้บริโภคหรือไม่

การประเมินความเสี่ยงในเชิงปฏิบัติประกอบด้วย

1. การตรวจสอบคุณภาพน้ำ
   “น้ำ” เป็นปัจจัยหนึ่งที่มีความสำคัญในระบบผลิตพืชอาหาร ซึ่งต้องคำนึงถึงในด้านคุณภาพตามวัตถุประสงค์ของการใช้งาน เช่น น้ำที่เหมาะสมสำหรับใช้แปลงปลูก หรือน้ำที่เหมาะสมสำหรับการใช้ล้างผลผลิต
2. การตรวจสอบคุณภาพดิน
   คุณภาพของดินและปริมาณแร่ธาตุในดินเป็นปัจจัยสำคัญในการเจริญเติบโตของพืชในระบบผลิต ถ้าหากดินที่ใช้มีการปนเปื้อนด้วยธาตุหรือโลหะหนักที่เป็นอันตราย เช่น แคดเมียม ตะกั่ว ฯลฯ อาจก่อให้เกิดการสะสมของธาตุนั้นๆในพืชได้ ดังนั้นการตรวจวิเคราะห์ดินจึงมีความจำเป็น โดยเฉพาะในแหล่งปลูกที่เป็นพื้นที่เสี่ยงต่อการปนเปื้อน
3. การควบคุม/ป้องกัน โรคและแมลงศัตรูพืช
   โรคและแมลงศัตรูพืช เป็นสาเหตุสำคัญให้เกษตรกรต้องใช้สารเคมีในการป้องกันและกำจัด ถ้ามีระบบการจัดการที่เหมาะสม ปลอดภัย หรือการควบคุมศัตรูพืชโดยชีววิธี (Biocontrol) จะสามารถช่วยลดปัญหาสารพิษตกค้างให้อยู่ในระดับที่ไม่เกิดอันตรายต่อผู้บริโภคได้
4. การตรวจสอบการปนเปื้อนจุลินทรีย์
   การปนเปื้อนของจุลินทรีย์เป็นอีกปัจจัยหนึ่งที่ต้องคำนึงถึง เนื่องจากมีผลโดยตรงต่อผู้บริโภค โดยเฉพาะอย่างยิ่งการปนเปื้อนของเชื้อจุลินทรีย์ในกลุ่มที่ก่อให้เกิดโรค เช่น อีโคไล (E.Coli) และ ซัลโมเนลลา (Salmonella) เป็นต้น