ข้าวกล้องมีคุณค่าทางอาหารสูง ซึ่งนอกจากเป็นที่ต้องการของผู้บริโภคแล้ว ยังเหมาะสมต่อการเจริญเติบโตของเชื้อราหลายชนิดด้วย ที่สำคัญ คือ เชื้อราในกลุ่มที่สามารถสร้างแอฟลาทอกซิน (Aspergillus flavus) แอฟลาทอกซินเป็นสารพิษที่เป็นอันตรายมาก เพราะเป็นสารก่อมะเร็งที่ร้ายแรง ก่อให้เกิดการกลายพันธุ์ได้ และยังมีผลต่อการเจริญเติบโต การสืบพันธุ์ การผลิตน้ำนม และการผลิตไข่ เมื่อเชื้อราเจริญบนข้าวกล้องจะสร้างแอฟลาทอกซินขึ้น และเมื่อคนหรือสัตว์บริโภคข้าวกล้องที่มีแอฟลาทอกซินก็จะเกิดอันตรายโดยตรง และพิษยังคงตกค้างในน้ำนม ไข่ และอวัยวะบางส่วน เช่น ตับ ส่งพิษต่อไปถึงผู้ที่บริโภค น้ำนม ไข่ และตับด้วย สิ่งที่สำคัญที่สุดคือ ความร้อนจากการประกอบอาหารตามปกติ ไม่ว่าการหุงข้าว การต้ม การนึ่ง ไม่สามารถทำลายพิษของแอฟลาทอกซินให้หมดไปได้ เพราะแอฟลาทอกซินทนความร้อนได้สูงถึง 250° C

      การปนเปื้อนของสารพิษจากเชื้อราในเมล็ดข้าวกล้องอาจเกิดได้ตั้งแต่ในไร่นา ระหว่างการเก็บเกี่ยว การทำให้แห้งและในระหว่างการเก็บรักษา เชื้อราสาเหตุที่สร้างแอฟลาทอกซินสามารถเจริญได้แม้ในเมล็ดที่มีความชื้นต่ำ โดยเฉพาะในเมล็ดที่มีองค์ประกอบส่วนใหญ่เป็นคาร์โบไฮเดรตซึ่งเป็นอาหารสำหรับเชื้อรา จึงส่งเสริมให้มีการสร้างแอฟลาทอกซินได้ดี

      เชื้อรา Aspergillus flavus เป็นเชื้อ สาเหตุสำคัญที่ทำให้เกิดแอฟลาทอกซิน สามารถเจริญและสร้างแอฟลาทอกซินได้ในผลิตผลการเกษตรตลอดจนอาหารต่าง ๆ ได้มากมายหลายชนิด เช่น ถั่วลิสง ข้าวโพด เนื้อมะพร้าวแห้ง พริกแห้ง หอม กะเทียม ฯลฯ ในประเทศไทยได้เริ่มศึกษาอาหารตามภาคต่าง ๆ ที่มีแอฟลาทอกซินปนเปื้อนกับความสัมพันธ์ต่อการเกิดโรคมะเร็งในตับซึ่งเป็นโครงการร่วมกับ FAO พบการปนเปื้อนของแอฟลาทอกซินในอาหารจากทุกภาค นับจากนั้นมาจึงเริ่มมีการตื่นตัวและศึกษาเรื่องแอฟลาทอกซิน อย่างจริงจัง เนื่องจากข้าวโพดที่ส่งออกจากประเทศไทยไปจีนและญี่ปุ่นถูกตีกลับและปรับลดราคาเพราะมีแอฟลาทอกซินปนเปื้อน จึงได้มีการส่งเสริมการวิจัยและพัฒนารวมทั้งการรณรงค์เพื่อให้มีการจัดการในทุก ๆ ขั้นตอนเพื่อผลิตข้าวโพดที่ปลอดภัยจากแอฟลาทอกซิน ประเทศไทยได้รับความช่วยเหลือในการวิจัยจากนานาประเทศ เช่น อังกฤษ ออสเตรเลีย ญี่ปุ่น สหรัฐอเมริกา และ UNDP ในการศึกษาวิจัยเพื่อป้องกันการเกิดแอฟลาทอกซินในข้าวโพดและถั่วลิสง และมีการจัดทำจัดคำแนะนำ Good Agricultural Practice (GAP) เพื่อผลิตข้าวโพดและถั่วลิสงให้ปลอดภัยจากแอฟลาทอกซิน พอสรุปได้ว่าการวิจัยและพัฒนาเรื่องแอฟลาทอกซินในข้าวโพด ถั่วลิสงและอาหารสัตว์ในประเทศไทยนั้นก้าวหน้าไปมากแล้วและนำมาใช้ประโยชน์เชิงปฏิบัติจริงในวงการต่างๆที่เกี่ยวข้องได้ผลเป็นที่น่าพอใจและยอมรับแล้ว อย่างไรก็ตาม ข้าวไม่ว่าจะเป็นข้าวเปลือก ข้าวกล้อง รวมทั้ง ข้าวซ้อมมือ ข้าวสาร และข้าวนึ่ง แม้จะมีการวิจัย เช่น การอบแห้ง บรรจุภัณฑ์ ฯลฯ แต่ยังมิได้มีการวิจัยและพัฒนาอย่างจริงจังและครอบคลุมทุกขั้นตอน ดังเช่นในกรณีของข้าวโพดและถั่วลิสงดังที่ได้กล่าวมาแล้ว

      ปัจจุบันได้มีงานวิจัยเกี่ยวกับเทคโนโลยีการเก็บรักษาข้าวกล้อง เช่น การอบแห้ง และการบรรจุในถุงพลาสติกสูญญากาศแล้ว แต่ยังขาดเทคโนโลยีที่เหมาะสมในการผลิตข้าวกล้อง จากการสุ่มตัวอย่างข้าวกล้องจากหลาย ๆ ท้องที่ ทั้งแหล่งปลูก โรงสี และตามที่มีขายในท้องตลาด ตรวจพบแอฟลาทอกซินในข้าวกล้อง 35% ของตัวอย่างจากโรงสีในระหว่างการสี และ 49% ของตัวอย่างตามร้านค้าปลีก ระดับแอฟลาทอกซิน 2-34 ppb (ศุภรัตน์ โฆษิตเจริญกุลและคณะ, 2543) ทั้งนี้เป็นเพราะแม้เทคโนโลยีที่นำมาใช้ เช่น การบรรจุถุงสูญญากาศจะป้องกันไม่ให้เชื้อราเข้าทำลายและสร้างแอฟลาทอกซิน แต่ไม่สามารถทำลายเชื้อราและแอฟลาทอกซินปนเปื้อนมาตั้งแต่ก่อนบรรจุถุงแล้ว

      จากข้อมูลต่าง ๆ ข้างต้นและจากประสบการณ์ของคณะผู้วิจัย โครงการวิจัยนี้จึงเกิดขึ้นเพื่อศึกษาวิธีการที่เหมาะสมในการผลิตข้าวกล้อง (ในขั้นต้น) ให้ปลอดภัยจากเชื้อราและสารแอฟลาทอกซิน ซึ่งจะให้ประโยชน์โดยตรง คือได้ผลผลิตที่มีมาตรฐานการเกษตรทั้งเพื่อบริโภคเองและการจำหน่าย ได้ราคาดี ประโยชน์โดยทางอ้อม คือ ผู้บริโภคได้รับอาหารที่มีคุณภาพไม่เกิดโรคภัยจากสารพิษดังกล่าว ไม่ต้องเสียค่าใช้จ่ายในการรักษา หน่วยงานหรือประเทศชาติก็มีประชากรที่แข็งแรงปฏิบัติงานได้เต็มที่

      งานวิจัยเริ่มจากการเก็บข้อมูลและปัญหาโดยการสอบถามกลุ่มเกษตรกรเป้าหมายโดยตรงและการตรวจวัดโดยสังเขป ณ แหล่งผลิต จากนั้นนำข้อมูลที่ได้ไปวิเคราะห์เพื่อหาปัญหาที่เกิดขึ้น พร้อมทั้งจัดหาแนวทางการแก้ไขปัญหาเบื้องต้นที่เป็นไปได้ โดยการจัดประชุมกลุ่มเกษตรกรเป้าหมาย ณ แหล่งผลิต เพื่อเสนอแนวทางในการปรับปรุงและจัดการกระบวนการผลิตดังกล่าว ภายหลังจากเกษตรกรกลุ่มเป้าหมายได้รับการอบรมและปรับปรุงกระบวนการผลิตแล้ว จะได้มีการติดตามและตรวจสอบกระบวนการที่ได้รับการปรับปรุงดังกล่าว พร้อมทั้งสรุปผลที่ได้จากการปรับปรุงแก้ไขให้มีความเหมาะสมด้านประสิทธิภาพและราคายิ่งขึ้นในลำดับต่อไป