ดังนั้นจึงมีความจำเป็นอย่างยิ่งที่หน่วยงานภาครัฐต้องมีการเตรียมความพร้อมเมล็ดพันธุ์อินทรีย์ ให้ได้เมล็ดพันธุ์ที่ปราศจากสารเคมี และเป็นเมล็ดพันธุ์ที่มีคุณภาพการงอกสูง มีความตรงตามพันธุ์ออกสู่ตลาดเมล็ดพันธุ์ ในสภาพปัจจุบันมีการเตรียมการ และศึกษาแต่ยังไม่มีหน่วยงานใดสามารถผลิตเมล็ดพันธุ์ในระบบเกษตรอินทรีย์ได้ เห็นควรอนุโลมให้มีการผลิตเมล็ดพันธุ์ในระบบGAPไปก่อน ให้ได้เมล็ดพันธุ์ที่ปราศจากการปนเปื้อนของสารเคมี แล้วจึงใช้เมล็ดพันธุ์ ล็อทนั้นๆ ไปเตรียมเมล็ดพันธุ์สำหรับเกษตรอินทรีย์
การเตรียมเมล็ดพันธุ์ทำได้หลายประการขึ้นอยู่กับปัญหาที่จะเกิดในขณะเก็บรักษาเมล็ดพันธุ์หรือในแปลงปลูก เริ่มดำเนินการได้ทันทีหลังการเก็บเกี่ยว ถ้าต้องการเก็บรักษาไว้ใช้ในระยะยาวนานต้องลดความชื้นให้ต่ำ และเก็บรักษาในสภาพอุณหภูมิต่ำ ถ้ามีปัญหาแมลงในโรงเก็บก็ควรทำลายแมลงก่อนทำการเก็บรักษาในห้องปกติ แต่ถ้าเก็บในที่อุณหภูมิต่ำก็สามารถยับยั้งการเจริญเติบโตหรือยับยั้งการเพิ่มปริมาณของแมลงได้ระยะหนึ่ง ถ้าเมล็ดพันธุ์นั้นมีอายุการพักตัวต้องทำลายอายุการพัก การเตรียมเมล็ดพันธุ์ให้พร้อมการงอกทันทีเมื่อลงปลูกทำให้ได้ต้นกล้าที่งอกสม่ำเสมอ และลำต้นตั้งตัวได้ดีทั่วทั้งแปลงปลูก

แปลงผลิตเมล็ดพันธุ์

1. ใช้พื้นที่ปลูกได้มาตรฐาน ตามระบบ GAP
2. ใช้พันธุ์ดีและเป็นพันธุ์ตอบสนองต่อปุ๋ยอินทรีย์
3. ปรับปรุงดิน ป้องกันกำจัดโรคและแมลงศัตรูพืช ตามระบบ GAP
4. คัดทิ้งพันธุ์ปน จากแปลงปลูก
   

เตรียมอะไรไปกับเมล็ดพันธุ์

1. ใช้น้ำอุ่นหรือความร้อนแห้งฆ่าโรคและแมลงที่ติดมากับเมล็ด
2. ใช้อินทรีย์สารช่วย เร่งการเจริญเติบโตระยะกล้า
3. ใช้จุลินทรีย์ปฏิปักษ์ เช่นไตรโคเดอร์มาเป็นต้น เพื่อควบคุมโรคในระยะต้นกล้า
4. ใช้สารสกัดธรรมชาติ ป้องกันกำจัดโรคและแมลงศัตรูพืช ในขณะเก็บรักษาเมล็ดพันธุ์ และระยะต้นกล้า
5. ใช้จุลินทรีย์ให้สีหรือสีย้อมธรรมชาติ หากมีการ เคลือบเมล็ดพันธุ์
   
   

วัสดุสำหรับเตรียมเมล็ดพันธุ์อินทรีย์

1. ทดสอบใช้กับเมล็ดพันธุ์ในห้องปฏิบัติการ
2. ทดสอบในแปลงปลูก
3. ทดสอบกับการปลูกพืชในสภาพไร้ดิน
4. วิเคราะห์ชนิดและปริมาณองค์ประกอบ
5. ใช้สารปราศจากโลหะหนักและอื่นใดที่เป็นข้อห้ามในระบบเกษตรอินทรีย์